洁净室为减小通风及空气调节系统噪声，设计中需注意选用高效率、低噪声设备；风管内风速选用，总风管为6m/s-10m/s，无送风、回风口的支风管为4m/s-6m/s，有送风、回风口的支风管为2m/s-5m/s。通风及空调设备应带有减振、隔振装置，必要时需设隔振器和减振基础，设备与风管和配件的连接应设有柔性接管；风机和设备进出风口处的风管不宜急剧转弯、变径，必要时弯头等处应设倒流叶片；风道及阀门等通风构件要有足够的强度，以避免或减低所引起的气流噪声和振动；尽可能降低系统总阻力。
房间的压差取决于房间的送风与回风、排风量之差，要使房间的压差保持稳定，首先要使送入和排出房间的风量保持恒定，具体做法较多，如在总风管上设微差压传感器，当风量发生变化时，即可通过变频器改变风机转速，使总风量保持不变；在进出房间的风管上设定风量阀，使进出房间的风量恒定不变，也可采用在洁净室内设压差传感器，当房间压差值偏离时，自动调节设在排风管上的变风量阀，以使室内压力保持稳定；可引入分区控制，在保证系统核心区域稳定的情况下尽量节省投资。应在洁净室工程中避免影响或改变房间压差的做法，如在同一净化空气调节系统中，对个别房间进行排风、回风的切换或间歇性使用洁净室排风系统，如隧道烘箱、干热灭菌柜等工艺设备的排风，而不采用任何措施进行房间压力保护等，这些做法都会破坏房间的空气平衡而使房间压力发生变化。中净环球净化可提供洁净室、洁净厂房的咨询、规划、设计、施工、安装、改造等配套服务。
各质量控制实验室空气调节系统的设置既要满足工艺要求和布置的灵活性，又要防止各实验室之间通过空气系统产生相互干扰或交叉污染；微生物限度检查室、抗生素微生物检定室的空气需直排，不能利用回风；放射性实验室的空气不应回风循环，且室内空气经高效过滤器净化后直排室外；阳性对照实验室送风、排风系统的设计应综合考虑实验条件，当操作涉及有害物料时，一般应在生物安全柜、隔离设备等能有效控制气体外泄的设备中进行，否则应采用全新风系统，其排风系统的设置应根据阳性对照实验室的生物安全级别，经过评估来确定是否需经高效空气过滤器净化处理后排至大气。对于有全排风要求且合用同一净化空气调节系统的实验室，应设有正压气锁，使实验室保持相对负压，并设有压差监测装置，防止室内空气外泄；合用一个排风系统的，需在各自的排风管路上设防倒灌措施，防止各功能实验室在停运时相互干扰。
