为了保证无尘车间(厂房)内的尘粒控制在无尘车间(厂房)洁净等级所要求的尘粒数以内，一般在净化空调系统中使用三级或四级空气过滤器，来挡截进入无尘车间(厂房)气流中的尘埃粒子。
净化空调系统中所使用的空气过滤器，按其空气过滤的效率分为四种，即初效过滤器、中效不定期滤器、亚高效过滤器和高效过滤器(有些房间的洁净度记于100级，如10级无尘车间，其净化空调房间还要使用超高效过滤器)。
初效空气过滤器的滤尘对象主要是大于10um尘粒，其计数效率(对于0.3um的尘粒)小于20%,空气阻力小于30Pa。
中效过滤器的滤除对象是1~10um的尘尘粒，其计数效率(对于0.3um粒径的尘粒)为20%~90%，空气阻力小于100Pa。
亚高效空气过滤器的滤除对象主要是小于5um的尘粒，其计数效率(对于0.3um粒径的尘粒)为90%~99.9%，其空气阻力小于150pa。
高效空气过滤器具滤除对象主要是小于1.0um的尘粒，其计数效率(对于0.3um粒径的尘粒)大于99.97%，空气阻力小于250Pa。
净化空调系统中，所使用的空气过滤器是在系统设计时，按照各级过滤器的额定风量，空气阻力和过滤效率进行组合选型的。同时初效过滤器和中效过滤是根据过滤的风量和过滤的滤料的滤速来确定过滤器的尺寸。初效空气过滤器空气通过滤料的滤速为0.4~1.2m/s，中效空气过滤器空气通过滤料的滤速为0.2~0.4m/s，高效空气过滤器空气通过滤料的滤速为0.01~0.03m/s。
在空气过滤器的组合方面，以初、中、高三级空气过滤器相组合的方式，一般用于10万级到100万级的无尘车间，对于1万级到100级的无尘车间，其净化空调系统也有使用初、中、中、高四级空气过滤器的组合方式，或使用初、中、亚高效、高效四级过滤器的组合方式。在四级空气过滤器的组合中，增加的第三级中效或亚高效空气过滤器的目的是为了提高净化空调系统的送风洁净度，延长末端空气过滤器的使用寿命，减少其更换的次数。
