海藻糖是一种典型应激代谢物，能够在高温、高寒、高渗透压及干燥失水等恶劣环境条件下在细胞表面形成独特的保护膜，有效地保护生物分子结构不被破坏，从而维持生命体的生命过程和生物特征。
1. 稳定性和安全性
海藻糖是天然双糖中最稳定的一类。由于不具有还原性，对热和酸碱都具有非常好的稳定性。在与氨基酸、蛋白质共存时，即使加热也不会发生美拉德反应，可用于处理须加热或高温保存的食品、饮料等。海藻糖进入人体内在小肠中被海藻糖酶分解为两分子葡萄糖，进而被人体的新陈代谢所利用，是一种重要的能量来源，对人体健康安全有益。
2. 低吸湿性
海藻糖还具有低吸湿特性。将海藻糖放置在相对湿度90%以上的地方超过1个月，海藻糖也几乎不会吸湿。由于海藻糖的低吸湿性，将海藻糖应用于该类食品中可降低食品的吸湿性，从而有效延长产品的保质期。
3.高玻璃化转变温度
海藻糖相对于其他的双糖有较高的玻璃化转变温度，高达115℃。因而把海藻糖加入到其它的食品中时，能有效地提高其玻璃化转变温度，更容易形成玻璃化状态。这种特性结合海藻糖的工艺稳定性和低吸湿性，使其成为一种高蛋白质防护剂和理想的喷雾干燥风味保持剂。
4.对生物大分子和生物体的非特异性保护作用
海藻糖是生物体对于外部环境变化所形成的一种典型的应激代谢物，保护机体抵抗外部恶劣环境。同时，海藻糖还能用于保护生物体内DNA分子防止放射线引起的损伤；外源性的海藻糖对生物体也具有非特异性保护作用。其保护机制一般被认为是机体含有海藻糖的部分强力地束缚水分子，与膜脂质共同拥有结合水或海藻糖本身起到代替膜结合水的功用，从而防止生物体膜和膜蛋白的变性等。
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